Năm 1916 được xem như là năm "Hồng Hiến thứ 1" (洪憲元年) hơn là năm "Dân Quốc thứ 5" (民國五年),[1] nhưng Viên vấp phải sự chỉ trích và phản đối kịch liệt từ những người cách mạng và cả các lãnh đạo quân sự cấp dưới của Viên. Họ cho rằng Viên muốn lên làm hoàng đế vốn để cai trị Trung Quốc một cách danh chính ngôn thuận và giảm bớt quyền lực của các thể lực quân sự.

Từng tỉnh một đứng dậy chống lại Viên sau khi ông tuyên bố làm hoàng đế, đầu tiên là Vân Nam do Tổng đốc Thái Ngạc (hay Sái Ngạc) và Đường Kế Nghiêu, rồi đến Tổng đốc Giang Tây Lý Liệt Quân (李烈鈞). Các thế lực nổi dậy thành lập Hộ Quốc Quân (護國軍) và phát động "Hộ Quốc Tranh". Các tướng lĩnh thuộc Quân Bắc Dương vốn chưa nhận được bất kỳ một khoản tiền nào từ tân chính phủ đã không có nhiệt huyết trong việc chống lại Hộ Quốc Quân. Do đó, dù được huấn luyện và trang bị tốt hơn rất nhiều nhưng Bắc Dương quân vẫn liên tục đại bại.

Khi thấy quyền lực của Viên suy yếu đi, các thế lực ngoại bang đồng loạt hủy bỏ hỗ trợ cho Viên. Đế quốc Nhật Bản đã đe dọa sẽ tiến hành xâm lược Trung Quốc, nhưng rồi sau đó cam kết là sẽ lật đổ Viên, công nhận tất cả các bên tham gia và ban bố tình trạng nội chiến tại Trung Quốc để cho phép công dân Nhật hỗ trợ những người theo phe Cộng hòa.[1] Mặc dù bị phản đối rộng rãi, nhưng Viên liên tục trì hoãn việc thoái vị. Cho đến khi ngân quỹ bị cắt vào ngày 1 tháng 3, Viên cùng bàn bạc với Lương Sĩ Di (梁士詒) để chấm dứt chế độ và ông chính thức giải thể vương triều của mình vào ngày 22 tháng 3, năm "Hồng Hiến" bị xóa bỏ vào ngày 23 tháng 3 và nền Cộng hòa được phục hồi. Viên tại vị được tổng cộng 83 ngày.[1]

Sau cái chết của Viên vào ngày 5 tháng 6, Phó Tổng thống Lê Nguyên Hồng chính thức đảm nhiệm chức vụ Tổng thống, chỉ định Đoàn Kỳ Thụy vào chức vụ Thủ tướng và phục hồi Quốc hội cũng như ban bố Hiến pháp tạm thời. Tuy nhiên, chính phủ trung ương ở Bắc Kinh cực kì suy yếu và không đủ sức để tiếp quản một Trung Hoa đầy rối loạn và phân chia từ vương triều của Viên dẫn đến tình trạng quân phiệt cát cứ ở khắp nơi.